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<p><b>Neue Seite</b></p><div>{{QS-Informatik|Knacknüsse=Ja}}<br />
{{Infobox Software<br />
| Name= T-Coffee<br />
| Hersteller= Cédric Notredame, [[Centro de Regulacio Genomica]] (CRG) – Barcelona<br />
| AktuelleVersion= 8.99<br />
| AktuelleVersionFreigabeDatum = 25.01.2011<br />
| Betriebssystem= [[UNIX]], [[Linux]], [[MS-Windows]]<br />
| Kategorie= Software für die Bioinformatik<br />
| Website= [http://www.tcoffee.org/ http://www.tcoffee.org/]<br />
| Deutsch= <br />
| Lizenz= [[GNU General Public License|GPL]]<br />
}}<br />
'''T-Coffee''' ('''T'''ree-based '''C'''onsistency '''O'''bjective '''F'''unction '''F'''or alignment '''E'''valuation) ist ein Programm aus dem Bereich der [[Bioinformatik]]. Es dient zum Erstellen eines Multiplen [[Sequenzalignment]]s. Das Programm verfolgt dabei einen progressiven Ansatz.<ref name="pmid10964570">{{Literatur |Autor=C. Notredame, D. G. Higgins, J. Heringa |Titel=T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment |Sammelwerk=J Mol Biol. |Band=302 |Nummer=1 |Datum=2000-09-08 |Seiten=205–217 |DOI=10.1006/jmbi.2000.4042 |PMID=10964570}}</ref> Es generiert eine Sammlung von paarweisen Alignments, die das Multiple Sequenzalignment führen. Außerdem kann es vorherberechnete Alignments kombinieren, sowie Struktur-Informationen aus [[Protein Data Bank|PDB]]-Dateien verwenden (3D-Coffee). Es beinhaltet Features um die Qualität von Alignments zu evaluieren und eine gewisse Fähigkeit zur Identifikation von Motiven (Mocca). Standardmäßig werden Alignments im aln-Format ([[Clustal]]) ausgegeben, aber es können auch verschiedene weitere Formate verwendet werden, wie PIR, MSF und FASTA. Die häufigsten Eingabeformate ([[FASTA-Format|FASTA]], [[Protein Information Resource|PIR]]) werden ebenfalls unterstützt.<br />
<br />
== Vergleich zu anderen Alignment Programmen ==<br />
Obwohl das Standardausgabeformat ClustalW ähnlich ist, gibt es ausreichend Unterschiede zum ClustalW/X Format, so dass viele Programme, die das Clustal Format unterstützen, es nicht verwenden können. Das Original ClustalW Format kann mit Hilfe der Option „<code>-output=clustalw_aln</code>“ ausgegeben werden.<br />
<br />
Ein wichtiges Merkmal von T-Coffee ist dessen Fähigkeit, verschiedene Methoden und Datentypen zu kombinieren. In der aktuellen Version kann T-Coffee Strukturen und Sequenzen von Proteinen als auch von RNAs kombinieren. Es kann außerdem die Ausgabe von verschiedenen häufig verwendeten Sequenz- und Strukturalignmentprogrammen zu einem einzigen Alignment kombinieren.<ref name="Liste">[http://www.tcoffee.org/Resources/tclinkdb.txt Eine vollständige Liste]</ref><br />
<br />
T-Coffee enthält weiterhin ein Reformatierungswerkzeug „seq_reformat“. Eine ausführliche Dokumentation ist auf der T-Coffee Webseite erhältlich. Ebenfalls vorhanden ist ein Tutorial.<br />
<br />
== Variationen ==<br />
=== M-Coffee ===<br />
M-Coffee ist ein spezieller Modus von T-Coffee, der es ermöglicht, die Ausgabe verschiedener Multiple-Sequence-Alignment-Pakete (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons etc.) zu kombinieren. Die resultierenden Alignments sind etwas besser als die einzelnen. Wichtiger ist jedoch, dass das Programm die Regionen im Alignment markiert, in denen die verschiedenen Einzelprogramme übereinstimmen. Regionen mit einer hohen Übereinstimmung sind im Allgemeinen besser aliniert.<br />
<br />
=== Expresso und 3D-Coffee ===<br />
Diese speziellen Modi von T-Coffee ermöglichen das Verbinden von Sequenz und Struktur in einem Alignment. Die strukturbasierten Alignments können mit Hilfe von den gebräuchlichsten Struktur-Alignment-Programmen (z.&nbsp;B. TMalign, Mustang und sap) erstellt werden.<br />
<br />
=== R-Coffee ===<br />
R-Coffee ist ein spezieller Modus von T-Coffee, der es ermöglicht, RNA Sequenzen unter Benutzung von Sekundärstrukturen zu alignieren.<br />
<br />
== Weblinks ==<br />
* [http://www.tcoffee.org/ T-Coffee Home Page] (Offizielle Webseite)<br />
* [http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_technical.htm Technische Dokumentation]<br />
* [http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_tutorial.htm Tutorial und FAQ]<br />
<br />
== Einzelnachweise ==<br />
<references /><br />
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[[Kategorie:Bioinformatik]]</div>imported>Phzh